Pour une biologie constructiviste, pluraliste et animiste (Notes).

Je vois deux impasses dans lesquelles la biologie contemporaine s’est engagée. La première découle de ce que Stephen Jay Gould a appelé « le fondamentalisme néodarwiniste », à savoir la conception selon laquelle tout ce que la nature produit obéit à la loi de l’optimum adaptatif et finalement se résout à la tendance autoréplicative des « gènes égoïstes ». Cette biologie, je l’appelle « biologie triste » en ce que, au lieu de célébrer les constructions du vivants, elle s’emploie exclusivement à les réduire à « n’être que » la manifestation déterministe de tendances égoïstes d’origine moléculaire. Cette science sans joie, si ce n’est celle du plaisir malin de dénigrer, est toute entière à la fascination de notre pouvoir de réduire le réel à quelques procès déterministes, quitte à refuser d’accorder le moindre prix aux innombrables entorses et curiosités dont a été capable l’évolution. Je lui oppose une biologie qui quitterait le confort du déterminisme pour entrer dans la description et la célébration de la complexité des interactions symbiotiques qui forment le tissu des vivants et l’étend bien au-delà des frontières étroites du génome individuel (sans nier bien entendu qu’il s’agit d’une polarité forte). Cette biologie n’est pas moins darwinienne, elle l’est autrement. Les travaux de Darwin sur les orchidées en donnent d’ailleurs un aperçu historique de choix (voir p.ex. la lecture qu’en a fait Natasha Myers).

L’autre ornière de la biologie contemporaine consiste à poursuivre d’infinies discussions sur les concepts fondamentaux telles que celui de gène ou d’espèce, en quête d’un critère unique pour assurer la spécificité et expliquer le phénotype. C’est une biologie « scolastique », ou pour le dire moins agréablement : une biologie radoteuse et obsessionnelle. A l’encontre de ce réalisme étroit, et sans verser dans la paresse du nominalisme, je suggère une vision constructiviste de l’espèce : c’est dans un contexte écologique et évolutif donné, avec les virtualités qui sont les siennes, qu’une population construit sa spécificité. Ainsi, des populations d’oiseaux parviennent à créer, renforcer et entretenir leur spécificité en s’appuyant principalement voire exclusivement sur les capacités qu’ils ont à produire et à entendre des chants mélodieux et riches, qui sélectionnent les partenaires reproducteurs au sein d’un groupe plus étroit que ce qu’imposent les barrières génétiques. L’approche constructiviste ne permet pas de dissocier l’objet décrit (en l’occurrence « l’espèce ») de la manière dont il s’est constitué et continue de se constituer en tant qu’espèce.

En antidote (ou en provocation) à la fascination qu’exercent les sciences dites exactes sur les biologistes, je proposerais de vanter les joies d’une science animiste, qui reconnaît à chaque entité ou communauté vivante une forme de génie propre. Le travail du biologiste est de trouver le registre d’observation, de mesure et de discours qui permet à cette entité d’exprimer la pleine mesure de sa puissance. Cela suppose un engagement du chercheur dans une relation avec les êtres auxquels il s’adresse, une manière de travailler à les faire exister sur un mode qui ne les réduise pas a priori à des lois aveugles appliquées à une matière inerte. Comme pour les savoirs des cultures non-modernes, la connaissance visée ici n’a pas la prétention de s’inscrire dans un dualisme du sujet connaissant et de l’objet de connaissance (lire à ce sujet L’impératif indigène). A l’instar des relations avec les esprits de la forêt, il s’agit de mener une négociation qui permette de connaître et maîtriser l’objet vivant en veillant à ne pas insulter son potentiel invisible (qui a trait aux liens secrets et complexes qui l’unissent de proche en proche à la totalité de son « monde », qui est aussi en partie le nôtre). La relation de connaissance n’est donc pas simplement un cadre donné, mais une épreuve à construire. Il y a une raison pragmatique qui justifie la science animiste : parler et agir en fonction d’une connaissance dégradante et incomplète, qui méprise les potentialités du vivant et prend pour négligeable ce que nous ignorons de lui, c’est s’exposer à subir des désagréments et des dérèglements qui dépassent notre capacité de maîtrise. C’est le fond des pensées animistes, et je ne vois aujourd’hui que des raisons de prendre exemple sur cette prudence de Sioux.

(Article à développer)

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Was there a symbiotic explosion 2 billion years ago?

In a famous book called « Wonderful life », Stephen Jay Gould explored how, some 500 million years from now, the development of the arthropods body plan has gone through an incredible variety of shapes and functional appendices in a relatively short span of time. This Cambrian explosion, illustrated through arthropod fossils, is a milestone in Gould’s punctuated equilibrium theory of evolution. As if when something new happens in life and there is room for it, this innovation tends to go through all kind of experiments before it stabilizes in a few enduring, dominant or specialized forms. For instance, insects body plan is now massively dominant among terrestrial arthropods and the looser pancrustacean model is dominant at Earth’s scale. Creation as the starting point of evolution: a shocking statement in the face of classical gradualism.

Now imagine that, in a much older time, something similar happened with unicellular organisms in the field of symbiotic association. An explosion of symbioses. Of course, we don’t have many fossils to rely on for supporting this hypothesis. But we have DNA and protozoan examples. From DNA, we know that the mitochondria, our respiratory organelles, but also chloroplasts, responsible for photosynthesis in vegetal cells, are “tamed” symbionts that our eukaryotic ancestors acquired some 2 to 1 billion years ago. And from existing protozoans, we know that unicellular eukaryotes are experts in building vital symbioses mostly with bacteria, who provide them with energy that they metabolize using various sources in their environment, such as light and sugar of course, but also organic acids, sulphide and others. And primary metabolism is not the only benefit that protozoans obtain from their bacterial symbionts, they also acquire protection against grazing and parasites, through a wide variety of metabolites, namely antibiotic substances (or “bio-controlling” molecules, to put it more generally).

Whether the raising of symbiosis model and their subsequent stabilization is a homolog to the Precambrian explosion is something that should be discussed and a theory that may have many flaws. To begin with, the “explosion” may be a wrong label for something that would have happen over a rather long timespan. However, it makes little doubt that symbioses played a key role in the evolution and endurance of eukaryotic cells and that a lot of them have been experimented long before plants and metazoans develop on their own and already ancient endosymbioses. Hence another interesting question: that of the emergence of multicellularity as a stabilisation in intercellular signalling and recognition, first experimented within and between species.

Descartes et la panique ontologique

La modernité est-elle un malaise passager ? Réflexion à la lecture de « Comment pensent les forêts » d’Eduardo Kohn.

Dans son livre « Comment pensent les forêts », Eduardo Kohn fait une allusion au célèbre cogito, allusion dont la portée est redoutable pour tout l’édifice de la philosophie moderne. Le projet de Kohn est celui d’une refondation ontologique de l’anthropologie au-delà de l’humain, non pas sur un quelconque déterminisme biologique, mais sur la base de la sémiotique de Charles Sanders Peirce et de ses trois catégories de signes : icônes, indices, symboles. Dans le sillage de Bruno Latour et Philippe Descola, le travail de Kohn récuse non seulement le dualisme de l’humain et du non-humain, mais il aplatit littéralement la modernité, la destituant de sa supposée prééminence, de sa culminance historique et autoproclamée, en la confrontant aux cultures indigènes qui, telles celle des Runa d’Amazonie, pratiquent l’art, la science et la conscience de leur inclusion dans un réseau complexe de relations écologiques, parmi les vivants de tous poils et de tous ordres. Une ambition maximaliste, puisqu’il s’agit rien moins que de retisser le continuum qui s’étend des plus simples molécules jusqu’à la pensée symbolique, opposant les lois de l’animisme aux accusations d’anthropomorphisme, opposant un monde d’interprétations plurivoques et réciproques au règne de la causalité aveugle. Je reviendrai ailleurs sur ce projet qui est à mon sens fondamental pour l’écologie et les sciences du vivant.

Dans le cours de son exposé, Kohn témoigne d’une expérience de déconnexion angoissante de la réalité dont il a été l’objet. S’appuyant sur des descriptions de psychologues, Il voit dans cette panique déréalisante la marque distinctive de la capacité proprement humaine à fabriquer du symbolique. Car si nous nous pensons uniques, ce n’est pas tout à fait sans raison. Dans un monde de signes et d’interprétation tel que celui de l’ontologie de Peirce, tout est signe et tout fait signe à un degré ou à un autre (1). Toutefois, certains signes semblent être le propre de l’homme. Il s’agit des symboles. Au contraire des indices et des icônes, les symboles ne sont pas directement reliés à une réalité extérieure. Ils sont, comme le disait Saussure, arbitraires. Et ils forment à ce titre une apparence de monde en soi. C’est ce qui les rend si prodigieusement prolixes. Mais cette indépendance recèle aussi un danger : celui d’une sémiose devenue « folle », d’une prolifération délirante de significations qui cessent de s’articuler avec l’altérité, d’une excroissance symbolique produisant une pensée privée de la résonance d’un « nous » et de la chair d’un monde. Un solipsisme déréalisé, voilà le diagnostic proposé par Kohn pour ces expériences d’angoisse et de panique, où l’on se sent soudain coupé du monde, et presque convaincu que le monde lui-même n’est qu’une apparence, une illusion à la surface de notre soi créateur de symboles.

C’est alors que Kohn mentionne le cogito de Descartes, cette forme aigue de subjectivité où la conscience est prisonnière du manège fou du doute existentiel, détachée à l’extrême de toute réalité extérieure. Ce serait un mauvais procès que de vouloir dissoudre la conceptualité cartésienne dans un diagnostic psychiatrique. En revanche, on ne peut pas ignorer que le même Descartes a aussi été l’un des plus éminents apôtres d’un dualisme radical entre la conscience et le monde, le sujet et l’objet, de même qu’il est un fondateur du projet moderne de domination de la nature par la science. Et c’est cela qui me paraît aujourd’hui ravageur pour la modernité : que la totalité du projet moderne puisse apparaître comme un malaise passager. Cet avènement triomphal, qui devait nous dégager des vieilles illusions en nous rendant maîtres de nous-mêmes et d’une nature réduite à l’état de matière qui se hâte sans but sous le joug d’un implacable déterminisme, tout cela se verrait réduit à un petit dérapage dans la production symbolique. Une malencontreuse glissade donc, qui a désarticulé la production symbolique de son substrat d’indices et d’icônes, qui a malencontreusement débranché la pensée de son socle vivant, de son écosystème forestier (2). 

Un bref moment d’égarement ? Peut-être, mais qui a eu de lourdes conséquences. Car cette arrogance du cogito déréalisé a permis et justifié que soient raillées, minorisées et souvent anéanties les mille façons d’être humain qui n’avaient pas renoncé à une pensée enracinée dans leur tissu écologique. Ce solipsisme triomphaliste a conduit à une exploitation des ressources naturelles qui a poussé les écosystèmes au-delà de leur seuil de résilience, et peut-être fait basculer le climat vers un état nettement moins hospitalier pour la vie. C’est cela qui nous oblige aujourd’hui a réévaluer les apports et les acquis du projet moderne, et surtout son coût exorbitant. Mais si la modernité est ce moment d’égarement, il est encore possible de nous ressaisir. De réveiller en nous l’indigénité qui a résisté aux temps arides du monothéisme et à la longue hibernation moderne, pour réinstaller la pensée dans la forêt sémiotique et symbiotique du vivant (une quête qui se poursuit dans cet article: l’impératif indigène). 

Kohn E., 2017 (2013). Comment pensent les forêts. Vers une anthropologie au-delà de l’humain. Zone sensible.

(1) Pour Peirce, même les objets matériels sont en quelques sortes des interprétations, mais qui sont engoncées dans une habitude irrévocable, au contraire des êtres vivants qui peuvent toujours se réinventer en réinterprétant ce qui leur arrive, en remaniant la manière dont ils s’inscrivent dans leur tissu d’habitudes.
(2) Au passage, je veux mentionner combien cette expérience de panique ontologique ressemble à celle d’un Dieu tout-puissant qui ne serait confronté à aucune extériorité. Un Dieu sans égal et sans monde, sinon celui qu’il créerait comme une pure apparence sans essence, pour son divertissement ou son accomplissement. Bref, ce solipsisme du cogito moderne a aussi tout d’un aboutissement délirant et d’une forme privatisée du monothéisme, cette pensée du désert, comme je tenterai de l’expliquer ailleurs.

A Philosophical Hesitation about Holobionts.

Apparently, there is a « microbe revolution » going on these days. Without being a specialist at all, I see it as a critical step in modern biology in the sense that it gets us facing the choice between two roads ahead.

The first option is obviously to expand the notion of what is an individual, from one nuclear DNA and its expression to multispecies DNA and its interconnection. This consists in trying to maintain (save?) the reductionist paradigm of Neo-Darwinism*, which is in essence a neo-mechanism.

But this option raises questions such as where is the physical limit between holobionts, since microbes can come in and out of my body and even of my cells? And why should we consider the host-microbes interactions as a part of one larger individual while we’re leaving the other interactions outside the holobiont at the same time? Ultimately, why not considering a whole ecosystem, or even the biosphere, as one big holobiont? And in this case, what would be the space left for selection and competition as the drivers of evolution? These could be serious epistemological issues, in my opinion.

On the other hand, we could go the other way and expand the notion of environment (or rather ecosystem) to the very inside of organisms. This is a much risky and foggy direction, but it looks so much more exciting at the same time. And to be honest, I see it as a moral emergency that we change our view on nature in a time when we are turning the world into a desert for living diversity.

This second option is for me a revolution in a much more deep sense, because it breaks away from the so-called « modern synthesis » of the genomic era, when any questions had to be answered by a gene locus and a more or less deterministic biosynthetic pathway. But it requires that we turn away from the all-mighty paradigm of selfish individuals or/and genes and start considering a world where relations are prior to entities, that is a constructivist and pluralistic world saturated of polysemous signalling activities, where the « me » and the « non-me » are becoming pretty blurred, negotiable, relative.

This may not fit into our rather fantastic vision of science as the production of unequivocal and permanent causal relations emerging through technological and statistical processes, but it could be a still more exciting and moving challenge : questioning the unending possibilities and modalities of coexistence in a pluralistic universe.

* Read for example Bordenstein S R & Theis K R, 2015. Host Biology in Light of the Microbiome: Ten Principles of Holobionts and Hologenomes, PLoS Biol 13(8).

Biomimétisme ou symbiotechs ?

Le biomimétisme doit-il être dépassé ou complété ? Réflexion inspirée par la lecture du livre de Gauthier Chapelle et Michèle Decoust, « Le vivant comme modèle ».

ENGLISH SUMMARY

Dans leur livre, « Le vivant comme modèle », Gauthier Chapelle et Michèle Decoust commencent par poser avec lucidité et gravité les enjeux liés à l’avenir de l’espèce humaine sur cette planète, soumise à un mode de développement insoutenable selon eux. Ensuite, le livre développe l’approche biomimétique dont Gauthier Chapelle est un spécialiste reconnu, multipliant les exemples en s’élevant graduellement des structures microscopiques des matériaux vivants dotés de propriétés désirables jusqu’aux vastes écosystèmes productifs domptés en souplesse par l’agroécologie. Or, dans les premiers chapitres  de ce panorama, les auteurs admettent à plusieurs reprises que les innovations proposées n’ont pas permis de relever les défis écologiques. Bien souvent, ces technologies ont eu un effet négligeable ou neutre du point de vue environnemental. Dans certains cas, elles ont induit de nouveaux gaspillages, infligés de nouveaux surcoûts énergétiques, entraîné de nouvelles fuites en avant productivistes. Quand elles ne sont tout simplement pas restées lettres mortes. Le contraste est saisissant avec le cas de l’agroécologie, abordé dans les derniers chapitres du livre, notamment avec l’étude d’une ferme en permaculture hautement productive. Les questions que nous nous posons sont dès lors les suivantes : l’agroécologie est-elle un exemple « parmi d’autres » de biomimétisme ? ou doit-elle son succès à  une méthodologie différente, plus exigeante, irréductible au seul fait de s’inspirer des trouvailles de l’évolution ? et dans ce dernier cas, ne faut-il pas préciser ou modifier la terminologie pour éviter de rassembler dans un même panier des techniques et solutions durables et d’autres qui ne sont pas soutenables ?

Tout se passe comme si la construction de « Le vivant comme modèle » superposait deux logiques. Une logique scientifique et descriptive, annoncée d’emblée, consiste à s’élever du niveau moléculaire jusqu’aux symbioses et aux écosystèmes, en passant par le métabolisme, la forme, l’architecture, etc. Mais selon une autre logique sous-jacente, tacite, qui semble se construire au fil des pages, les auteurs semblent cheminer vers une nouvelle approche, qui tendrait à dépasser les promesses de performance, de rapidité, de rentabilité que porte (encore) en lui le biomimétisme*. Un exemple résume à lui seul ce renversement en cours d’écriture : après avoir décrit un rêve avorté de photovoltaïque organique (en bref, créer artificiellement des arbres électriques), le livre aborde en fin de parcours un projet beaucoup moins faustien d’agroforesterie, où il s’agirait de collaborer avec les arbres pour en tirer nourriture, microclimat, hygrométrie favorable, combustible renouvelable… On sent bien ici que les déterminants de l’anthropocène (changement climatique, épuisement des ressources, tension des écosystèmes) impose de dépasser les seuls critères du biomimétisme pour embrasser une réalité plus complexe qui pose l’enjeu de notre coexistence avec les réalités naturelles que nous étudions, imitons, exploitons…

Sous cet angle, le livre de G. Chapelle et M. Decoust témoigne peut-être d’une profonde mutation en cours dans l’approche moderne des sciences de la vie. Une mutation quelque peu forcée par les premiers effets catastrophiques du « capitalisme à tombeau ouvert » sur la disponibilité des ressources, l’intégrité des écosystèmes et la stabilité du climat, mais qui repose également sur les récentes recherches en biologie des symbioses, comme nous le verrons plus loin. Plus profondément, cette mutation suggère un changement de paradigme dans la culture contemporaine, qui nous ferait sortir de l’impératif moderne de domination et d’instrumentalisation de la nature énoncé au XVIIème siècle, et dont le biomimétisme resterait un héritier, manifestant en somme une forme subtile d’extractivisme, consistant à tirer les idées cachées dans le vivant pour les reproduire à l’échelle de notre avidité économique.

Dans le nouveau paradigme, partagé par l’agroécologie la plus en vogue et les systèmes traditionnels les plus ancestraux, l’être humain ne peut tout simplement pas faire abstraction de sa propre place, il ne peut plus se considérer en position de domination instrumentale, ni même en position de neutralité « scientifique » (n’est-ce pas ce que signale le passage à l’anthropocène : l’impossibilité d’une description sans implication ?). Le point de vue des acteurs humains, qui suppose bien évidemment la production de leurs moyens de subsistance, doit désormais aussi s’insérer dans de vastes réseaux relationnels qui tiennent compte d’autres points de vue que le nôtre : celui des microorganismes qui assurent la fertilité du sol ou la santé de notre tube digestif ; celui des prédateurs qui trônent au sommet de vastes écosystèmes productifs et régulateurs du climat ; celui des pollinisateurs qui assurent depuis des millénaires la reproduction de leurs partenaires végétaux avec une précision et une expertise inégalable. Alors, il ne s’agit plus de compétition mais de collaboration avec les autres (inter)acteurs des écosystèmes que nous habitons et que nous sommes. Collaboration toujours délicate, à construite dans chaque situation, dans chaque écosystème, de manière productive certes, mais aussi en veillant à ne pas en bouleverser les équilibres.

Il s’agit en somme d’acquérir les compétences des symbiontes. L’intérêt récent pour les symbioses, la découverte de leur abondance et de leur importance évolutive, signalent à mon sens le changement de paradigme énoncé plus haut au sein des sciences du vivant, où l’écologie et l’éthologie ont permis de tempérer quelque peu le triomphalisme du néodarwinisme et du « tout au génome ». Un symbionte est capable de manipuler les fonctions de son hôte et d’en détourner les produits à son avantage. Toutefois, cela ne se fait pas au détriment de son partenaire ou hôte, qui de son propre point de vue, exécute bien souvent les mêmes actions d’effraction et de piratage à son avantage. Par exemple, si les recherches récentes montrent l’importance du microbiome pour la santé de mammifères tels que nous, des auteurs ont aussi avancé l’hypothèse que l’apparition des métazoaires, avec leur tube digestif, peut être considéré comme une adaptation des bactéries à la vie terrestre aérobie, leur offrant des conditions physico-chimiques favorables ainsi qu’un apport régulier en nutriments. L’alternative est stérile, mais elle présente l’intérêt de mettre en lumière ce basculement culturel vers une vision de la nature comme irréductiblement multiple et pluraliste. Comprendre ce monde ne peut plus se résumer à dresser la liste des vainqueurs et celle des perdants. Dans ce monde, plusieurs « vérités » coexistent parce que plusieurs points de vue coexistent. C’est pour nous une leçon majeure de la science des symbioses.

Quitter le paradigme de domination et de contrôle intellectuel, mais aussi de profit économique, pour envisager un nouveau rapport mutualiste avec la biosphère, toujours situé par des pratiques locales (tant d’exemples peuvent nous inspirer, depuis la médecine traditionnelles jusqu’à la vinification, sans parler de la domestication des céréales ou le pâturage extensif), c’est aussi opérer un glissement d’une ambition purement technologique vers une vision pluraliste et collaborative des rapports productifs que nous entretenons avec notre environnement (et avec nos semblables). Bien que je crois être en accord avec le propos du livre de Gauthier Chapelle et Michèle Decoust, je suggère donc d’utiliser le néologisme symbiotechs (pour « symbiotechnologies ») pour clarifier la transformation en cours. Il me semble refléter les nouveaux enjeux de ces pratiques à inventer, mieux que le terme de biomimétisme, encore teinté du prométhéisme qui dominait à l’époque où il a été forgé.

En conclusion, le champ de la recherche biologique, tout comme le livre de Gauthier Chapelle et Michèle Decoust, témoigne de manière éclairante qu’une transformation est à l’œuvre, notamment avec le développement de l’agroécologie (la discipline fait son entrée à l’Université Libre de Bruxelles cette année) et de la médecine du microbiome, qui a récemment fait l’objet d’un programme lancé très officiellement par la Maison Blanche. Ces disciplines en plein essor préfèrent le tissage patient de relations à long terme avec les interacteurs des écosystèmes* « champs » et « corps » aux techniques invasives maximisant le rendement immédiat en éliminant des acteurs considérés comme « nuisibles », avec des effets imprévisibles et des coûts souvent inaperçus. Ce changement apparaîtra à certains comme un retour en arrière, simplement parce qu’il nous ramène en-deçà de l’ambition de la science moderne et de l’exaltation productiviste des trente glorieuses. Il n’est en rien un renoncement à la science. Il demande au contraire plus de science, mais aussi une science plus variée, plus pratique, plus locale. Une science qui ne cherche ni à éliminer, ni à modifier, ni à exploiter son objet, mais à établir avec lui des relations durables, productives et bénéfiques en développant si besoin est des « symbiotechs » de plus en plus fines et complexes. Cette science n’est pas humble mais joyeuse, si la joie de comprendre consiste, comme le pensait Spinoza, à augmenter son pouvoir d’agir et de sentir tout en nouant des relations bénéfiques avec ceux qui nous entourent.

* Ici aussi je propose un néologisme pour ceux qui en sont friands, en parlant plutôt de « symbiosphère » que d’écosystème, qui a encore le goût d’un objet scientifique que l’on peut tenir à distance.

Chapelle G. et Decoust M., Le vivant comme modèle. Albin Michel, 2015.